کتابخانه مرکزی فعالیت خود را از سال ۱۳۷۰ آغاز کرده و در طبقه اول دانشکده پزشکی ارومیه با زیربنای مفید ۷۲۳ متر مربع واقع شده است. این کتابخانه با هدف پشتیبانی از آموزش و پژوهش، خدمات متنوعی را به بیش از ۵۰۰ دانشجو در مقطع دکترای عمومی پزشکی و کارشناسی ارشد رشتههایی همچون فیزیولوژی، بیوشیمی، تغذیه، فیزیک پزشکی، میکروبشناسی و سایر رشتههای علوم پایه ارائه میدهد.
کتابخانه دارای بخشهای متعددی از جمله:
علاوه بر این، کتابخانه به امکانات استاندارد گرمایشی و سرمایشی مجهز است و در سالهای ۱۳۹۴-۱۳۹۵ با انتقال مجموعهای از کتابهای علوم پایه از کتابخانه مرکزی سابق دانشگاه و همچنین بهسازی سیستم روشنایی و تجهیزات محیطی، بهطور چشمگیری بهینهسازی شد.
کتابخانه مرکزی دانشگاه نه تنها به دانشجویان و اساتید این مرکز، بلکه به سایر کتابخانههای دانشگاه، دانشکدهها، مراکز آموزشی و درمانی وابسته نیز خدمات ارائه میدهد. فلسفه اصلی آن، دسترسی آزاد و حداکثری به منابع علمی و ایجاد انگیزه در استفاده از کتاب و پایگاههای اطلاعاتی است.